С августа 2008 Алексей Шляпужников является экспертом АНО Центра антикоррупционных исследований и инициатив «Трансперенси Интернешнл — Россия». В 2012 году Алексей создал информационное агентство «ПроВладимир», издателем которого является до сих пор. В марте 2016 года Алексей создал и возглавил интернет-проект «SALT.ZONE». В постоянном режиме консультирует несколько десятков российских СМИ, НКО, активистов и журналистов по вопросам информационной безопасности, техническим аспектам работы, расследованию кибер-инцидентов.